在第二次世界大战中，交战双方的潜水艇同样在这里了厄运。据美军统计：凡在此执行任务或经此处的美军潜艇中，有1／5因非战斗因素，总数达52艘之多。
二战后期，为了夺取海上优势，美国海军第38航母特遣队对日本的神风突击队发起了三天三夜的狂轰滥炸。正当舰队重新补充燃料，准备再战的时候，在这片海域不得不与恶劣的自然展开了一场之战。当时在强大的飓风和18米高的袭击下：16艘舰船遭到严重、200多梦见回家的路架飞机从航母上被掀到了海里、765名美军水兵遇难。这是美国海军在20世纪所最严重的自然灾难。
1957年3月22日凌晨4点48分，一架美国货机从威克岛升空，准备前往东京国际机场，机组是67名军人。飞行时间预定为9个半小时，飞机上准备的燃料足够13个半小时的航程。在开头的8个小时，飞机飞行状况一切正常。下午2点，驾驶员发出信号，预计到达时间为下午5点，飞机所有的设备都处于正常状态。此时飞机所处区域天气晴朗，对于飞机飞行而言，条件几近完美。1小时15分钟以后，驾驶员在距东京300公里的地方发出讯号，空中交通控制中心回复说希望她能够在2小时以内到达。然而，这架美国飞机却永远没能降落到东京机场。
搜救队在方圆数千公里的海面上来回搜索，最终无功而返。这架为战争而造、飞行条件几近完美的飞机究竟发生了什么事情，直到今天依然无人知晓。
2002年1月，一艘中国货船林杰号及船上19名船员，在日本长崎港外的海面上突然就消失了。没有求救呼叫，没找着残骸，货船就仿佛在蒸发了，人们无法知道他们了什么。
由于日本龙三角海域频发众多神奇海难事故，使它赢得了一个“太平洋中的百慕大三角”的。对此，日本海防机构每年平均要发布发生在日本周围海域约2500件海事事故报告。鉴于在这里搜寻一艘的船要比从干草堆中找出一根针还要困难得多的实际情况，使得大部分的报告只能将事故原因归于“自然的力量”，而就此终止调查。然而，众多遇难船员的家人决不希望他们的亲人就这样无声无息地走进，他们需要更加详尽、更加合理的解释。
1952年9月23日，多名科学家搭乘一艘日本海防研究舰前往龙三角区域研究那里的暗礁，目的是海底的异常活动以从这一角度来解开上述乘船之谜。船在离港后一直保持着很高的航行速度，按理说用这种速度只需一天时间就能到达研究海域。然而在接下来的3天中该船信号全无，于是水上安全厅对外宣布了这艘海防研究舰的消息。当搜救船只赶到这片海域时，只找到了一些残骸和碎片，但是没有一块碎片上刻着船只的名称，也没有一个生还者能够讲述他们的……
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